Im Obergeschoss des Klausurnord- und Westflügels ist das Abteimuseum Kloster Eberbach untergebracht, dessen Aufgabe es ist, die ehemalige Abtei unter ordens-, kultur- und vor allem kunsthistorischen Aspekten in einen erläuternden Kontext zu stellen.

Das Museum wurde in Räumlichkeiten eingerichtet, die in den Jahren 1989-1995 einer grundlegenden Sanierung mit dem Ziel einer Rückgewinnung der ursprünglichen Raumproportionen saniert wurden.
Ganz im Sinne klösterlich-zisterziensischer Kargheit wurde der gesamte betroffene Bereich mit einfachsten Mitteln hergestellt, d.h. das jeweils gewählte Baumaterial wurde in seiner natürlichen, möglichst unbehandelten Form verwendet.

Von herausragendem Wert ist das in der früheren romanischen Wärmestube platzierte einzig erhaltene Glasfenster der mittelalterlichen Klosterkirche. Dieses ehedem vermutlich im südlichen Querhaus befindliche Flechtbandfenster besteht aus unbemaltem Glas im ornamentalen Bleinetz und wird wegen des resultierenden grauen Farbtons als "Grisaille" (frz. gris = grau) bezeichnet. Die Grisailleverglasung befolgte streng das Ordensgebot des Verzichts auf Farbe und Figuren bei der Gestaltung der Fensterverschlüsse in den Kirchen der "Grauen Mönche".
Als ätestes erhaltenes (Ornament-)Glasfenster der Zisterzienser im deutschen Sprachraum ist die Eberbacher Grisaille sowohl für die Ordens- als auch für die Kunstgeschichte von erstrangiger Bedeutung.

Umriss und ornamentale Struktur der Eberbacher Grisaille sind die bildgebenden Elemente des "Logos" der Stiftung Kloster Eberbach.

Im gleichen Raum befindet sich die Skulptur eine sitzenden Mönchs, die bislang als Darstellung Bernhards interpretiert wurde. Gesichert ist, dass es sich um eine herausragende Leistung spätgotischer Kunst am Mittelrhein handelt.






Erwähnenswert ist weiterhin das erst 1992 bei Arbeiten im Dachreiter aufgefundene Byzantinische Kreuz, dessen Ursprung zeitlich vor Gründung Eberbachs datiert wird. Die genaue Herkunft des Kreuzes und sein Weg aus dem Orient nach Eberbach liegen noch im Dunkeln. Ein Zusammenhang mit der Kreuzzugsgeschichte ist nicht auszuschließen.

Schließlich sei auf die barocken Portalskulpturen von Nikolaus Binterim hingewiesen, die 1774 über dem neu errichteten Westportal des Klosters zur Aufstellung gekommen sind.
Die Skulpturen zeigen die Hauptpatronin des Ordens, Maria Immaculata, den Nebenpatron Johannes den Täufer, sowie den Gründer der Abtei, den hl. Bernhard (Originale, auf dem Klosterportal befinden sich heute Replikate).