Der gesamte Südflügel der Klausur wird von der Klosterkirche eingenommen. Die Eberbacher Basilika wurde um 1145 bis um 1160 sowie um 1170 bis 1186 erbaut.
Es handelt sich um eine dreischiffige romanische Pfeilerbasilika mit Querhaus und rechteckigem Chor im Osten, die in zwei Perioden erbaut wurde.
Die gotischen Seitenkapellen auf der Südseite wurden um 1310 bis ca. 1340 hinzugefügt. Der romanische Kirchenraum erhielt durch die großen Maßwerkfenster eine Lichtfülle, die beim ursprünglichen Konzept nicht vorhanden war.